System Center Configuration Manager 2012 SP2, System Center 2012 R2 Configuration Manager SP1 и System Center Configuration Manager 1511 (current branch) теперь поддерживают Mac OS X 10.11 (El Capitan). ЗЫЖ Не прошло и полгода.
Версия клиента SCCM должна быть минимум 5.0.8333.1 для поддержки Mac OS X 10.11 (El Capitan). Скачать последнюю версию клиента для Mac можно здесь — https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=47719
Как устанавливать и что с ним делать? Можно почитать здесь Управляем Mac OS X с помощью SCCM 2012 R2 SP1 часть 1.
зыж2 Остальные подробности в блоге System Center Configuration Manager Team Blog.